(SPECIAL REPORT) MANILA – Wala pang isang buwan mula nang pumutok ang novel coronavirus outbreak noong nakaraang taon sa China, natukoy agad ng mga scientists ang “genetic sequence” o identity ng virus at tinawag na SARS-CoV-2.
Natukoy ang identity ng virus matapos dumaan sa “gene sequencing” ang samples ng mga unang kumpirmadong kaso ng sakit sa Hubei province.
Ang “genetic sequence” ay ang struktura na bumubuo sa pagkakakilanlan ng isang organismo, katulad ng coronavirus. Para matukoy ang genetic code o identity ng virus, kailangan nitong dumaan sa proseso ng “gene sequencing.”
Sa kaso ng SARS-CoV-2, natukoy ng mga scientists na pareho ang katangian ng bagong coronavirus sa pumutok na severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) noong 2002.
Pareho rin daw ang “cell entry receptor” o kinakapitan ng naturang mga coronavirus sa katawan ng tao kapag nanghahawa — ang “angiotensin-converting enzyme 2” (ACE2), kaya tinawag itong SARS-CoV-2.
Sinabi noon ng World Health Organization (WHO) na makakatulong ang “genetic sequences” ng SARS-CoV-2 para makabuo ang mga eksperto ng diagnostic kits at bakuna. Maaari rin daw itong maging batayan ng mga polisiya para mapigilan ang pagkalat ng sakit.
“Genetic sequences of the novel coronavirus (2019-nCoV) will allow countries to develop specific diagnostic kits, quickly identify and then care for anyone infected, and ensure better health outcomes and containment of the virus,” ayon sa isang tweet ng UN Health agency noong January 12.
Iba’t-ibang bansa ang sumunod sa yapak ng Chinese health experts at WHO para matukoy kung saan galing ang COVID-19 virus na nakapasok sa kanilang mga teritoryo, kabilang ang Pilipinas.
PHILIPPINE GENOME CENTER
Ang Philippine Genome Center (PGC) na nasa ilalim ng sistema ng University of the Philippines (UP) ang isa sa mga nanguna sa naturang hakbang dito sa bansa.
Hulyo pa lang, nakapag-submit na ang PGC ng anim na “whole genome sequence” sa GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), ang main source ng genomic data ng SARS-CoV-2. Nagpasa rin noon ang Research Institute for Tropical Medicine (RITM) ng pitong “whole genome sequence.”
“Whole genome sequencing is the process by which the complete DNA and RNA sequence of an organism. SARS-CoV-2 is determined at a single time using massive parallel sequencing platforms,” ayon kay PGC executive director Dr. Cynthia Saloma.
“We are using NGS (next-generation sequencing) machines and also there are possibilities where we can use single molecule real-time sequencer such as found in UP NIH (National Institute of Health) and RITM.”
Lumabas sa pag-aaral na halos kalahati mula sa mga ipinasang whole genome sequence ng PGC at RITM ang may kaparehong identity sa virus ng mga nag-positibo sa na-stranded na Diamond Princess cruise ship sa Japan noong Pebrero.
“Yung sampling namin is very small but out of the 13 marami talaga Diamond Princess. At least 6 siguro. And sa Shanghai not so many. Sa palagay ko meron ding Europe doon,” ani Saloma sa artikulo ng ABS-CBN News.
Noong Agosto, inanunsyo ng PGC at RITM na mayroon nang kaso ng D614G variant ng SARS-CoV-2 sa bansa. Result ito ng ginawang targeted “whole genome sequencing” sa ilang positive samples sa Quezon City.
“We note that all the samples tested were from Quezon City and may not represent the mutational landscape for the whole country,” nakasaad sa bulletin ng PGC.
“Collecting more samples and establishing more sequences from the COVID-19 cases in the country will provide clearer insight as to how the virus is spreading within the local communities, and help health authorities have a better understanding of what mitigation and control measures are necessary,” ayon sa RITM.
Ang D614G variant ang itinuturing ngayon na pinaka-dominant “mutation” ng SARS-CoV-2 sa buong mundo. Ayon sa mga eksperto, normal ang “mutation” o pagbabago ng anyo ng mga virus.
“Natural ang magkaroon ng variation, ito ang isang paraan para makasiguro na kayanin nyang kumalat through the population,” ayon sa pediatric infectious diseases expert na si Dr. Annalisa Ong-Lim.
“Genetically, isa lang ang strain ng SARS-CoV-2. Kasi yung SARS-CoV, MERS-CoV, these are all strains of coronavirus… any mutations to that strain is called a variant,” ani Dr. Edsel Salvana.
UK VARIANT
Noong Setyembre sinasabing unang beses nai-report na may bagong variant ng SARS-CoV-2 na kumakalat United Kingdom. Nakumpirma lang ito pagdating ng Disyembre matapos ang naitalang outbreak sa ilang bahagi ng Britanya.
Ayon sa mga eksperto, umabot ng 17 ang mutation sa “spike protein” ng coronavirus. Ang “spike protein” ay ang bahagi ng virus na kumakapit sa katawan ng tao at nagta-transmit ng sakit.
“Unfortunately, this strain that was detected in the UK has many changes. They counted 17. It is really much more than the normal rate which is two substitutions per genome per month. But the mutations of this strain occur at a much faster pace and a bigger magnitude,” ani Dr. Celia Carlos, direktor ng RITM.
Batay sa inisyal na pag-aaral ng international health experts, may katangian daw ang bagong variant na mas mabilis makahawa sa mga tao. Pero wala pang ebidensya na kaya nitong pataasin ang tsansa na maging kritikal ang lagay ng mai-infect na indibidwal.
Higit 30 bansa na ang nakapagtala ng kaso ng tinaguriang “UK variant” ng SARS-CoV-2. Bukod sa nadiskubre sa Britanya, may natuklasan din daw na iba pang variant ng virus sa South Africa.
“South Africa has named this variant 501Y.V2, because of a N501Y mutation. While SARS-CoV-2 VOC 202012/01 from the UK also has the N501Y mutation, phylogenetic analysis has shown that 501Y.V2 from South Africa are different virus variants,” ayon sa WHO report.
Kasabay ng pagpapatupad ng travel restriction ng pamahalaan ng Pilipinas mula sa mga bansang may kaso ng mga bagong COVID-19 variant ang mandato na pagpapalakas sa “gene sequencing.”
BIOSURVEILLANCE
Ayon kay Dr. Celia Carlos, direktor ng RITM, maraming kakambal na benepisyo ang “gene sequencing” bukod sa pagtukoy ng identity ng virus.
Gaya ng sinabi ng WHO noong nakaraang taon, malaki ang naitulong ng “genetic sequence” ng SARS-CoV-2 sa mga na-develop na ngayong bakuna laban sa sakit.
“Sequencing has been done in many countries and it has contributed a lot of improvement in public health measures. The diagnostic tests were developed on the basis of sequences, the therapeutic modalities and even vaccines developed,” ani Dr. Carlos.
Sa ilalim ng memorandum na inilabas ng Office of the Executive Secretary noong December 29, 2020, inaatasan ang mga laboratoryo sa entry points ng bansa na ipadala sa PGC, RITM at UP National Institute of Health (NIH) ang specimen ng mga darating na biyahero mula sa mga bansang may kaso ng bagong COVID-19 variant, para masailalim sa genome sequencing.
Ayon kay Health Usec. Maria Rosario Vergeire, tanging samples ng mga nag-positibo sa COVID-19 pagdating ng bansa ang ipadadala sa mga nabanggit na ahensya.
Bukod sa samples ng overseas travelers, isasama na rin daw ng mga tanggapan sa genome sequencing ang samples ng COVID-19 patients na nag-positibo noong Nobyembre at Disyembre.
“Hindi natin kailangan mag-intay ng importation, dahil pwedeng dahil kumakalat din ang sakit sa atin, mayroon na tayong sariling variant,” ani Dr. Ong-Lim.
Sa ngayon, wala pang naitatalang kaso ng UK at South African variant ng COVID-19 ang Pilipinas. Pero nitong Martes, January 6, sinabi ng Hong Kong Ministry of Health na isang Pinay domestic helper na galing Maynila ang nag-positibo sa bagong COVID-19 variant noong January 2.
Inaalam pa ngayon ng health authorities ng Pilipinas at Hong Kong kung paano nahawaan ng UK variant ang nasabing Pinay worker.
“Strictly following the minimum public health standards (MPHS) is still the best measure to cut transmission of the variant and minimize the opportunities for virus mutation,” ayon sa DOH.
